The OpenNET Project / Index page

[ новости /+++ | форум | wiki | теги | ]

Энтузиаст создал в GitHub открытый проект c данными о своей ДНК

15.02.2011 13:18

Маню Спорни (Manu Sporny), руководитель компании Digital Bazaar, придумал и опубликовал в GitHub один из самых оригинальных открытых проектов, в рамках которого вместо кода Маню опубликовал набор собственных генетических данных. В открытом доступе представлено около одного миллиона ДНК-маркеров. Набор данных подготовлен компанией 23andMe на основании анализа слюны. Данные переведены в категорию общественного достояния, т.е. сняты все ограничения на их распространение и использование.

Проект станет также одним из самых значительных публично доступных наборов персональных данных, никто ранее не публиковал столь подробных сведений о конкретном человеке. В будущем, с развитием науки, используя представленные данные, любой желающий сможет изменить геном как ему заблагорассудится и сформировать производного человека на основе модифицированного ДНК, или создать клон инициатора проекта :-) Если отбросить шутки, то проект может оказать большую услугу ученым-генетикам, которые получат в свои руки набор данных на условиях, не устанавливающих каких-либо ограничений по их использованию. Например, из представленного миллиона ДНК-маркеров (всего у человека их около 10 миллионов) науке известно назначение лишь 14515.

Дополнение: Маню Спорни оказался не первым, кто опубликовал свой геном в GitHub, его на несколько дней опередил энтузиаст под ником orta, который, впрочем, не указал лицензии, под которой доступны данные.

  1. Главная ссылка к новости (http://www.geek.com/articles/g...)
Лицензия: CC BY 3.0
Короткая ссылка: https://opennet.ru/29606-opensource
Ключевые слова: opensource
При перепечатке указание ссылки на opennet.ru обязательно


Обсуждение (51) Ajax | 1 уровень | Линейный | +/- | Раскрыть всё | RSS
  • 1.1, pavlinux (ok), 13:40, 15/02/2011 [ответить] [﹢﹢﹢] [ · · · ]  
  • +20 +/
    > изменить геном как им заблагорассудится и сформировать
    > производного человека на основе модифицированного ДНК

    Я даже догадываюсь какую часть генома будут увеличивать. :)

     
     
  • 2.2, prapor (??), 13:54, 15/02/2011 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +10 +/
    Явно не отвечающую за интеллект.
     

  • 1.3, Амнезинус (?), 13:59, 15/02/2011 [ответить] [﹢﹢﹢] [ · · · ]  
  • +7 +/
    Эксгибиционист! Не стыда, ни совести! ))
     
  • 1.4, Frank (ok), 14:01, 15/02/2011 [ответить] [﹢﹢﹢] [ · · · ]  
  • +13 +/
    Я с женой посоветовался, и мы решили пересоздать нашего сына, наложив свежие патчи.
     
     
  • 2.8, ааа (??), 14:40, 15/02/2011 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +2 +/
    пересобрать же
     
     
  • 3.9, redactor (?), 14:46, 15/02/2011 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +4 +/
    не. именно пересоздать.
    вы что. а как же процесс
     

  • 1.5, Zenitur (?), 14:17, 15/02/2011 [ответить] [﹢﹢﹢] [ · · · ]  
  • –1 +/
    Хоттабыч!
     
  • 1.6, Bizdelnick (?), 14:26, 15/02/2011 [ответить] [﹢﹢﹢] [ · · · ]  
  • +1 +/
    manu: entire-genome dna-synthesis embryonic-incubator gestation-chamber
    # TODO: Implement build process, see if Craig Venter can help
     
  • 1.7, Elhana (?), 14:27, 15/02/2011 [ответить] [﹢﹢﹢] [ · · · ]  
  • +1 +/
    pull request гораздо интереснее.
     
  • 1.10, Белый Мышь (?), 14:56, 15/02/2011 [ответить] [﹢﹢﹢] [ · · · ]  
  • +/
    А форки ожидаются?
     
     
  • 2.13, Аноним (-), 15:49, 15/02/2011 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +2 +/
    >А форки ожидаются?

    Уже 2 есть. Я не шучу. Увеличили скорость бега на 5%, и веки поправили.

     

  • 1.11, Аноним (-), 15:22, 15/02/2011 [ответить] [﹢﹢﹢] [ · · · ]  
  • +2 +/
    Куда багрепорты слать?
     
  • 1.12, zazik (ok), 15:23, 15/02/2011 [ответить] [﹢﹢﹢] [ · · · ]  
  • +16 +/
    А подобные проекты от Microsoft будут синими и падающими(сдаётся мне, что я уже видел их на улицах своего города)?
     
  • 1.14, ФФ (?), 15:58, 15/02/2011 [ответить] [﹢﹢﹢] [ · · · ]  
  • +4 +/
    ./configure manu --with-brain
     
     
  • 2.21, NoName (?), 17:08, 15/02/2011 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +3 +/
    ./configure manu --with-no-brain --tits-size 5
     
     
  • 3.24, anonymous (??), 19:56, 15/02/2011 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +1 +/
    >./configure manu --with-no-brain --tits-size 5

    --disable-man --enable-woman не помешало бы добавить.

     
     
  • 4.30, ещеодинаноним (?), 13:49, 16/02/2011 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +1 +/
    необходима опция --taiwan, равноценная сумме --enable-man --enable-woman
     

  • 1.15, ФФ (?), 15:59, 15/02/2011 [ответить] [﹢﹢﹢] [ · · · ]  
  • +7 +/
    А вообще неплохо мужик забэкапился :)
     
     
  • 2.16, andrei4ka (ok), 16:03, 15/02/2011 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +1 +/
    да уж...
     
  • 2.20, zazik (ok), 16:49, 15/02/2011 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +2 +/
    > А вообще неплохо мужик забэкапился :)

    Это он только железо с софтом забекапил, а данные так не забекапишь.

     

  • 1.17, Аноним (-), 16:06, 15/02/2011 [ответить] [﹢﹢﹢] [ · · · ]  
  • +2 +/
    может тоже выставить?
    под GPL3)))))))))))))))
    типа можете меня переделать
     
     
  • 2.18, Аноним (-), 16:17, 15/02/2011 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    И свои исходные коды открывать из-за изменения твоих? Размечтался.
     
     
  • 3.19, Андрей (??), 16:27, 15/02/2011 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +2 +/
    БСДоид детектед? :)
     
  • 3.34, Аноним12233 (ok), 17:46, 16/02/2011 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    > И свои исходные коды открывать из-за изменения твоих

    как раз GNU GPL не заставляет этого делать :-)

    незнаю почему BSD-шники вдруг щитают что все изменения в GPL-программах надо возвращать назад разработчику... в реальности обычно как раз наоборот -- разработчку пихают (в upstream) эти патчи, а они ему нафиг не нужны, он их не берёт

    открывать изменения -- GNU GPL заставляет ТОЛЬКО в том случае -- если ты распространяешь/передаёшь свой продукт кому-то

     
     
  • 4.46, maxkit (ok), 20:41, 17/02/2011 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    > незнаю почему BSD-шники вдруг щитают что все изменения в GPL-программах надо возвращать назад разработчику...

    Потому что они читали GPL.

     
  • 2.27, Аноним (-), 10:49, 16/02/2011 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +1 +/
    >может тоже выставить?

    под GPL3)))))))))))))))
    типа можете меня переделать

    Нет ничего проще — женись.

     

  • 1.22, FSA (??), 17:15, 15/02/2011 [ответить] [﹢﹢﹢] [ · · · ]  
  • +/
    ИМХО, ДНК не главное для человека. Важнее то, как этот человек будет развиваться. Что ему будет доступно для изучения и прочее. Это скорее для животных полезнее, да и то тоже не так ДНК важно. В детстве со мной были кошки. Всегда были спокойными, "белыми" и "пушистыми". Даже сиамская кошка. При этом она действительно была сиамская и становилась дикой, как это у них заложено генетически, при угрозе (по её мнению). Любую собаку просто в клочья разорвать пыталась, а уж щенков ей лучше вообще не показывать. Но при этом с людьми всегда была спокойна даже после "обороны". Даже своих котят ближе к человеку под одеяло приносила.
     
     
  • 2.23, pavlinux (ok), 19:33, 15/02/2011 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    Если глянете в новость, то увидите, что из 10 млн. маркеров,
    распознано только 15000, что составляет 0.15% кода.
    Какое нафиг клонирование, если 99.85% данных не известны.
    Тут никакое экстраполирование не спасёт.


     
     
  • 3.28, Аноним (-), 12:30, 16/02/2011 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    Дык эта... Человеческий геном полностью расшифрован в результате широкомасштабных исследований (была еще драма с попыткой каких-то м$%аков запатентовать гены) где-то в 2000х, разве нет? И тут выясняется, что распознано только 0.15% маркеров. У меня, наверно, хреново с биологией
     
     
  • 4.29, Doc_x800 (?), 12:50, 16/02/2011 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    в том проекте была полностью прочитана нуклеотидная последовательность ДНК человека, до расшифровки там еще очень далеко, это как если убрать из текста все пробелы и знаки препинания и попробовать его прочитать (аналогия не очень)
     
  • 4.36, angel_il (ok), 11:07, 17/02/2011 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    кроме одиночных генов есть еще сочетания генов, и сочетаний ооочень много...
     
  • 3.31, xv (??), 13:59, 16/02/2011 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    Там большая часть - "мусорная ДНК", долгое время считалось, что она не нужна и белков не кодирует.
    Но последние исследования показывают, что "мусорная ДНК" не такая мусорная, как казалось: тоже кодирует кое-что и выполняет регуляторные функции.
     
     
  • 4.32, dmitry (??), 16:15, 16/02/2011 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    > Там большая часть - "мусорная ДНК", долгое время считалось, что она не нужна и белков не кодирует.

    Если взглянуть на EXE файл, то там тоже далеко не все байты задействованы в процессе ввода-вывода информации на экран, к примеру, или в процессе записи на диск. Из чего вовсе не следует что остальные 99% байт в программе - мусорные...

    Нашли в совершенно непонятном пока коде 15 тысяч фрагментов данных в которых записана информация о 15 тысячах белков и сделали вывод что все остальное - мусор... Сильно...

     
     
  • 5.35, xv (??), 18:26, 16/02/2011 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    Исследователи вообще-то не настолько тупые, как вы думаете, и тоже сомневались в ненужности Noncoding DNA. Просто доказательств долго не было. Сейчас есть.
    Кстати, сравнивать сделанный компилятором исполняемый файл и ДНК, которая формировалась под действием естественного отбора и в которой много участков, случайно изменённых мутациями,а также кусков РНК вирусов- это, мягко говоря, неправильно.
     
     
  • 6.42, Doc_X800 (?), 18:12, 17/02/2011 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    НИкто и не думал о ненужности некодирующих фрагментов ДНК, думали лишь о том, какую же они функцию выполняют
     
  • 2.25, the joker (ok), 20:40, 15/02/2011 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    > ИМХО, ДНК не главное для человека.

    Точно! Лишь бы человек был хороший. А его ДНК мы и сами добудем.

     

  • 1.26, Doc_x800 (?), 10:00, 16/02/2011 [ответить] [﹢﹢﹢] [ · · · ]  
  • +/
    Название новости надо бы сменить....
    Расшифровка ДНК и опубликование ДНК маркеров далеко не одно и то же.
    Это я вам как молекулярный биолог со стажем говорю
     
  • 1.33, pavlinux (ok), 17:34, 16/02/2011 [ответить] [﹢﹢﹢] [ · · · ]  
  • +/
    Думается, что расшифровка ДНК, это такой же бред как и машина времени.

    Тут вот доказали, что два фотона в вакууме и то воздействуют друг на друга,
    теперь переставьте количество вариантов взаимодействия 10 млн. маркеров!
    Из комбинаторики это 10000000! (факториал 10 млн.) Конечно возможно исключить
    всякий бред, типа предрасположенность к перхоти и её влияние на эрекцию. (и то доказать надо) :)

     
     
  • 2.37, thesame (?), 13:01, 17/02/2011 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    > теперь переставьте количество вариантов взаимодействия 10 млн. маркеров!
    > Из комбинаторики это 10000000! (факториал 10 млн.)

    10 миллионов маркеров - это 10 миллионов подпрограмм, вообще-то, так что комбинаторика тут ни при чем. И, кстати, из этих 10 миллионов значительная часть - биологическая libc, общая для всего живого.
    Так что я бы не стал говорить о принципиальной невозможности расшифровки ДНК. Другое дело, что в этом коде могут быть скрыты такие бездны, что водородная бомба покажется безобидной хлопушкой. Если Великий программист не пожелал открыть свои исходники, а мы все равно пытаемся их реассемблировать - это тема для бесчисленных романов ужасов. Главное, чтобы они были выпущены под правильной лицензией. :)


     
     
  • 3.38, pavlinux (ok), 17:19, 17/02/2011 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    >> теперь переставьте количество вариантов взаимодействия 10 млн. маркеров!
    >> Из комбинаторики это 10000000! (факториал 10 млн.)
    > 10 миллионов маркеров - это 10 миллионов подпрограмм, вообще-то, так что комбинаторика тут ни при чем.

    Во, значит ещё больше, так у подпрограммы может быть разные результаты...

    >это тема для бесчисленных романов ужасов.

    ... например разные степени размягчения костной ткани, при последней степени
    переломы не почём - будет отскакивать как мячик :)

     
     
  • 4.39, thesame (?), 17:51, 17/02/2011 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    >>> теперь переставьте количество вариантов взаимодействия 10 млн. маркеров!
    >>> Из комбинаторики это 10000000! (факториал 10 млн.)
    >> 10 миллионов маркеров - это 10 миллионов подпрограмм, вообще-то, так что комбинаторика тут ни при чем.
    > Во, значит ещё больше, так у подпрограммы может быть разные результаты...

    гм. вообще-то для каждой функции (гена) могут быть разные реализации, но если вместо одной функции окажется другая, то программа скорее всего сломается. например, если я вызову rename, а на ее месте в системной библиотеке окажется unlink. :)
    а во-вторых, геном двух любых представителей homo sapiens sapiens совпадает на 99.5%. считая, что среднее число реализаций - не больше пяти (berkeley, svr4, gnu, microsoft, apple), получаем 50000 в пятой степени - огромное число, но все же не 10000000! :)

     
     
  • 5.40, pavlinux (ok), 18:00, 17/02/2011 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    > а во-вторых, геном двух любых представителей homo sapiens sapiens совпадает на 99.5%.

    А можно замутить родимое пятно на спине в виде 5 купольного храма?  

     
     
  • 6.50, thesame (?), 13:04, 18/02/2011 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    Теоретически - да. На практике, я бы не советовал... Родимое пятно - это локальный сбой в ДНК, т.е. любое случайное воздействие, то же аномально жаркое лето aka жесткое солнечное излучение, может сработать спусковым крючком, который приведет к молниеносному раку.
     
  • 3.49, Адм_крск (?), 23:37, 17/02/2011 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    Ну почему не пожелал - просто не кому было, когда он компилил всё. Не думаете же вы, что он у этой консоли миллионы лет сидит-ждет, пока из крестиков-ноликов ИИ возникнет.
     
     
  • 4.51, thesame (?), 13:06, 18/02/2011 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    > Ну почему не пожелал - просто не кому было, когда он компилил
    > всё. Не думаете же вы, что он у этой консоли миллионы
    > лет сидит-ждет, пока из крестиков-ноликов ИИ возникнет.

    Так он должен был предвидеть заранее... ;)

     
  • 2.41, Doc_X800 (?), 18:07, 17/02/2011 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    Уважаемый не судите о том, в чем АБСОЛЮТНО не разбираетесь...вы сейчас такой БРЕД сказали, что просто невозможно аналогию ему привести.
    Так вот комибинаторика к расшифровке ДНК никакого отношения не имеет. Есть ряд закономерностей в строении гена, различных сигналах, кодируемых ДНК. А те маркера о которых идет речь, это всего лишь маркера в которых определяется так называемый одно-нуклеотидный полиморфизм, чтобы Вам было понятней, при помощи таких маркеров (кстати всего 17 штук)проводят идентификацию личности. Плюс если Вы вдруг вспомните школьный курс биологии, то с удивлением для себя обнаружите, что вся геномная ДНК упакована в хромосомы, и, о чудо, это есть ничто иное как комплекс ДНК с белками, притом довольно сложный. Погуглите при случае "гистоны", много нового узнаете.
     
     
  • 3.43, pavlinux (ok), 18:20, 17/02/2011 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    > Уважаемый не судите о том, в чем АБСОЛЮТНО не разбираетесь...вы сейчас такой
    > БРЕД сказали, что просто невозможно аналогию ему привести.

    Тут как бы не сайт генетиков :)

    > Так вот комибинаторика к расшифровке ДНК никакого отношения не имеет. Есть ряд
    > закономерностей в строении гена, различных сигналах, кодируемых ДНК. А те маркера
    > о которых идет речь, это всего лишь маркера в которых определяется
    > так называемый одно-нуклеотидный полиморфизм, чтобы Вам было понятней, при помощи таких
    > маркеров (кстати всего 17 штук)проводят идентификацию личности.

    То есть, по этим 17 штукам можно сказать, что я негр, 25 лет, 204 см росту,
    120 килограмм, блондин, с перхотью, и на правой ягодице родинка диаметром 2.9178 мм,
    а последний коренной зуб вывалился в 24 мая 2009 года.

    А то функция printf() тоже всем известна, но сколько гадости можно наделать с её помощью.

     
     
  • 4.44, Doc_X800 (?), 18:31, 17/02/2011 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    новость попала сюда? сюда. глупость не зная предмета сказали вы? вы. А что такое идентификация личности Вам видимо вообще неизвестно. добавить нечего.
    http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%94%D0%9D%D0%9A а это вам на закуску для самообразования. и впредь потрудитесь хоть что-нибудь почитать о предмете обсуждения, а уж потом нести ересь
     
     
  • 5.45, pavlinux (ok), 18:54, 17/02/2011 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    > новость попала сюда? сюда. глупость не зная предмета сказали вы? вы. А
    > что такое идентификация личности Вам видимо вообще неизвестно.

    А что такое личность?! По ДНК можно распознать ходячую биомассу, но не личность.

    > что-нибудь почитать о предмете обсуждения, а уж потом нести ересь

    Чукча не читатель, чукча писатель. :)

     
     
  • 6.47, Doc_X800 (?), 21:43, 17/02/2011 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    Ага, ключевое слово - "чукча", спасибо, поржал
     
     
  • 7.48, pavlinux (ok), 22:00, 17/02/2011 [^] [^^] [^^^] [ответить]  
  • +/
    > Ага, ключевое слово - "чукча", спасибо, поржал

    Ну вот, наконец... А то я уж думал, молекулярные биологи совсем без чувства юмора.

     
     Добавить комментарий
    Имя:
    E-Mail:
    Текст:



    Партнёры:
    PostgresPro
    Inferno Solutions
    Hosting by Hoster.ru
    Хостинг:

    Закладки на сайте
    Проследить за страницей
    Created 1996-2024 by Maxim Chirkov
    Добавить, Поддержать, Вебмастеру