!) большинство согласится, что закрытое ПО ... беспокойства
У большинства лицензия на ПО не вызывает никакого беспокойства какой бы она не была (пока не стучатся в дверь)
2) Мы назовём такой вред "вредом от ненадёжности"
надежность никак не связана с лицензией. Тысячи лидирующих софтин закрыты, десятки их открытых альтернатив глючны. случаи наоборот тоже имеются.
Вирусы - не признак ненадежности. Вирусы работают вполне надежно =)
3) "вредом от невозможности изменить код"
Это да. Но если ты и открытый код изменить не в состоянии, то тебе все равно кого пролить реализовать нужные фичи(это может быть и разработчик закрытого ПО)
4) "вредом посредничества" и "вредом привязки к вендору"
Огромный минус (сомневаюсь, что дальше будуть пункты важнее)
5) "вредом от амнезии"
Ерунда. Эта инфа принадлежит не вам и не ва  решать в каком формате НАСО будет ее хранить. Если они за 30 лет не соизволили сконвертировать и выложить в сеть значит не хотят. Всегда можно поставить старый софт и откопать старое железо если уж на то пошло.
6) "положительные сетевые внешние факторы"
Ровно также действуют на открытое ПО, привязывают тебя к определенным форматам и программа, которые их понимают, увеличивают расходы на миграцию. Просто сейчас закрытого ПО намного больше и страдают от давления среды те, кто пытается от него отказаться.

Зачем автор зацикливается на слове вред? Сейчас полно телефонов с типа открытыми ОС, но в них полно вредных (шпионских и привязывающих к вендору) функций. Пользователи обычно сделать с этим ничего не могут и вынуждены пользоваться тем, что дают.