С Cargo проблем нет.
Вы можете:
- писать без зависимостей (ну... удачи)
- добавлять зависимости непосредственно как параметры компиляции в вызов rustc
- использовать toml, но ссылаться на свой git репозиторий или вообще на локальный путь
- можно форкать нужные либы и ссылаться уже на свои репозетории
- создать свой private registry и работать с ним (удобно когда есть много общих внутренних либ)
- фиксировать версии на чужие пакеты и проверять что в них поменялось перед обновлением

Как-то так. Нужно всего-лишь почитать доку https://doc.rust-lang.org/cargo/
С dependency тут дела обстоят лучше чем в с/с++ - тут хотя бы есть удобный способ, но при этом не убраны все остальные варианты.

А АНБ нужно вначале сказать спасибо за DebianPackages. Бесконечные зависимости которые обновлял неизвестно кто и неизвестно зачем для любого крупного проекта.