>> У меня:
>> $ ls -l /etc/adjtime
>> lrwxrwxrwx 1 root root 26 Янв 18 00:36 /etc/adjtime -> ../var/lib/hwclock/adjtime
> А у меня это файл "из коробки".

А. Ну, я файл тоже руками переместил. Не понравилось нарушение FHS :).

> Но если разобрать каждый отдельный случай
> (я привел только два примера, их, конечно, больше), решение для них
> наверняка найдется. Вопрос не в этом, а в том, что нет уверенности,
> что нет четкой и ясной установки "наверху", т.е. среди разработчиков,
> что в /etc писать от нечего делать не надо.
> И нет никакой гарантии, что очередная поставленная софтина
> не свалится. Нет такой уверенности и касательно дистрибутива в целом.

Согласен насчёт отсутствия уверенности. Программы пишутся различными несвязанными людьми. Дистрибутивы GNU/Linux — это собрание различных программ. Это следствие свободы. Зато каждый может начать собирать свой дистрибутив.

Но дистрибутив всё‐таки — это уже единый объект. Да, если его собирать дома на коленке, то можно кое‐как склепать, чтобы лишь заработало, и тогда не будет целостности и стержня. Но если он предназначен для массового пользования, то должна быть «политика партии», единые чёткие правила. И должна быть хорошая связь пользователей с разработчиками дистрибутива, чтобы сообщать о багах — например, записях в /etc. Тогда, если разработчики программы не исправляют проблему, то управляющие дистрибутивом выберут «официально поддерживаемой» другую аналогичную программу. Если такой порядок не работает, значит, и дистрибутив — не очень.