Логично сравнивать именно две конфигурации "из коробки". Если что-то в той или иной системе нужно донастраивать, это скорее проблема самой системы. Да и сравнение специально настроенных систем можно было бы с большим основанием объявить некорректным, можно было сказать, что они просто хуже знают ту систему, результат у которой оказался худшим (и так оно действительно могло бы быть). А вариант "из коробки" - это то, что будет работать у значительной части администраторов, может даже у большинства, поэтому его быстродействие достаточно важно.