Проблема сравнения МС/опен настолько сильно выходит за рамки ТСО, что обсуждать ее в этих рамках бессмысленно.
В частности:
1 специфическое железо и софт под него (НЕ только дрова но и сервисное)
2 специфический софт (напр уровня предприятия)
или Вы сам его будете разрабатывать? а он есть под линукс?
3 наличие грамотных(!) специалистов в вашем регионе (ребята, весь мир, немнооожко больше чем москва)
4 способность руководства предприятия понять необходимость обучения специалистов работе с конкретным софтом (и стоимость такого обучения)

и таких пунктов еще много-много. В общем кто сталкивался тот знает, а кто-нет, тем не объяснишь.

А в общем, в каждом конкретном случае, проблема выбора решается тупым но надежным способом:
ставится та система которую знает местный Гуру.
И это правильно.
DIXI