>синхронизировать состояние документа

забота пользователя, кроме того, в основном окне может быть индикация, что модальные окна открыты -- родительский процесс может контролировать потомков как угодно, но помимо этого есть и другие варианты, да хотя бы и через dbus

>Что мешает это сделать заранее? Что мешает закрыть диалог, скопировать и открыть его заново?

Лишние действия, и ты не знаешь, что сохраняешь, до открытия диалога. Мне нравится как это сейчас в Opera с kdialog: ничего не блокируется, свободно прокручиваю страницу, использую буфер выделения для временного сохранения текста и так далее, максимально удобно.

>не перекрывает весь документ и заголовок главного окна

прокрутка заблокирована и окно не юзабельно, кроме того, может понадобиться навести курсор на имя ссылки и посмотреть куда она ведёт

>И да, в документ не смотришь, чтоли, перед тем как сохранять?

на странице миллион ссылок, да и толку смотреть?