> Мне такое встречается сплошь и рядом: управление насосом (переполнение/сухой ход и т.д.
> крайне не желательны), система отопления, система сигнализации.

Смотря что за насос и системы сигнализации. Линух на исправном железе может набрать годы аптайма, опять же. Тезис о том что вы с разбега напишете стабильнее - еще проверить надо. Особенно если не в ущерб фичам.

> Вот я о том и пишу, что лучше не использовать решения подобные
> сабжу напрямую, а по возможности выносить основную задачу на простой МК,
> а для работы wi-fi или другими сложными вещами использовать отдельные модули.

Это скорее uC получается "отдельным модулем" - критичные к скорости или отказу операции можно не напрямую из жирного системного проца делать, а кинуть команду в МК - мол, мы тут хотим мотору вот столько - изволь учесть. Ну и в обратную сторону - "эй, хост, у меня тут мотор заклинило, я его выключил! Покажи юзеру аларм в морде!"