>[оверквотинг удален]
> Те, что прописаны в /etc/make.conf - глобальные, т.е. имеют силу для каждого
> порта. Ну а ежели надо для чего-то дополнительные опции, не покрываемые
> глобальными флагами, или наоборот - отменить действие глобального флага, то пишешь
> в /etc/portage/package.use, тогда флаг называется локальным и имеет над глобальным приоритет.
> Хендбук-то читали?
> Во фряхе это тоже есть, WITHOUT_X в make.conf, например. Но нету в
> этом системности, видно, что опции прикручивались постепенно, по мере надобности. В
> portage же все изначально задумывалось так, поэтому все более логично и
> упорядоченно.
> Так что я надеюсь, что и для портов новый пакетный манагер напишут.

Если честно, то проблема "несистемности" мне кажется мягко говоря надуманной. Есть возможность установить глобальные флаги, есть возможность сконфигурировать нужный порт индивидуально. Когда вы в /etc/portage/package.use прописываете руками флаги это разве не та же самая "конфигурация вручную" ?
В данный момент это прямо скажем не самая большая проблема во FreeBSD, есть куда как более важные.