Некоторые свойства html и flash/silverlight|JavaFX различаются прицнипиально. И если информацию (тексты, грубо говоря) я категорически предпочитаю в html, то приложения на нем писать - извращение, которое даже не знаю, чем оправдать.
1) вид HTML by design не определен. Для текста это хорошо, для приложения - проблематично создать что-то юзабельное (от usability).
2) Приложения очень ограничены по работе с данными. Есть только push, ни pull, ни синхронного обмена нет.
3) протокол обмена - http, и никуда не денешься. Нет ничего udp-based, да и на базе tcp ничего кроме http нет. На флеше тот же XMPP можно написать, и он написан.
4) нет некоторых базовых возможностей - вроде предложения пользователю сохранить файл на компьютере (не тайно, а через диалог "сохранить" - как загруженный файл). Реализуется только через сервер.
5) нет работы с микрофоном/камерой.

Это то, что навскидку в голову пришло.

Конечно, в принципе, все это можно добавить - но лучше все-таки делить ДОКУМЕНТЫ (для которых html/оы идеален) и ПРОГРАММЫ (которые лучше писать на чем-то другом). Как минимум - потому, что требования к ним разные. Например, документ должен быть сохраняем на локальной машине со всем своим состоянием. Программа же - нет. Сейчас же мы видим кучу гибридов, которые и как программы неудобны, и как документы их не сохранить.

Что касается монополии - неприятно, конечно. НО если выбирать между нынешней ситуацией и, скажем, равными долями всех трех плагинов - лучше уж нынешняя. Хотя бы потому, что один плагин надо держать, а не три. Другое дело, что не худо бы что-то открытое сваять - тогда, думаю, претензий поубавилось бы. Но, глядя на прогресс gnash, как-то не верится в это...