> Мне кажется весьма удобной система пакаджей во FreeBSD

Нет системы пакаджей, есть система портов. А бинарные пакаджи, которые из нее получаются, не очень то и удобны.

> пора бы портировать её в Linux

Гентушный portage в некотором смысле аналог, хотя у него есть смои большие плюсы и большие минусы
pkgsrc можно использовать вообще почти везде, от linux до solaris, он к портам гораздо ближе.

Вообще дело не в этом. Дело в том имхо, что любая система пакетов должна основываться на исходниках, но при этом уметь порождать самодостаточные бинарные пакеты. Это значит, что не maintainer'ы не собирают пакеты как хотят, а пишут инструкцию, как пакет собрать (аналог порта FreeBSD или ebuild'а), после чего добавляют ее в репозиторий. Заодно могут залить и сам пакет, по ней собранный.

Итого: имеем все плюсы source-based систем. Автоматизированная проверка и сборка подо все архитектуры, возможность быстро обновить порт до новой версии (просто взяв существующий и изменив циферку) и т.д. В то же время из этого должны получаться пакеты, которые как минимум знают, с какими версиями зависимых пакетов они могут работать. FreeBSD'шные пакаджи, например, не знают. Будут писать ворнинги, если версии не совпадают, и если, например, shared lib версия поменялась или еще какой косяк, ничего сделать не cмогут.
Ну и системная библиотека для управления этим всем, чтобы любой пакет можно было установить одной командой, причем установка из исходников/бинарников меняется одним ключиком.

Короче, потенциально есть куда развиваться всем существующим пакетным менеджерам, но то, что `Установка ПО в Linux - задача достаточно сложная', и идеи о новом API, основанном на D-BUS (!!!) и XML - такой концентрированный параноидальный бред, что мне даже страшно.