Ну, очевидно, у винды есть как минимум 3 очень неприятных проблемы - при которых ее не будет на кластерах, хоть бы и она была быстрее:
1) Стоит денег. Это когда лицензия на один ПК - не так страшно, а когда 10,000 лицензий нужно (причем серверной, которая поддерживает несколько процессоров. А она довольно дорогая даже с учетом всех возможных скидок) - она обойдется весьма недешево. Каждый узел кластера стараются любой ценой удешевить - блейд-системы, общее питание и охлаждение, отказ от дисков (по возможности) и т.п. Материнка, проц, интерконнект - это минимум, без него никуда, на остальном же стараются сэкономить. И доплата за лицензию тут будет очень некстати.
2) Она может выигрывать в скорости, но проигрывать в гибкости. Например, может не устраивать система обновлений, или убогие возможности управления ей через chef или ansible. Никому не хочется тратить кучу времени (которое - те же деньги) ради мизерного прироста, суммарно же выйдет проигрыш.
3) Она может быть быстрее для обычных приложений, игр и тп на одном процессоре, но проигрывать в задачах, которые важны для кластеров. Что в этом странного?