Единственное, что напрягает в cmake это верхний регистр символов.
Понятное дело, что можно писать в нижнем, но когда читаешь документацию или задаешь параметры сборки(или еще что-нибудь) это немного отвлекает. Хотя в целом терпимо.
Если сравнивать с Autotools, то разобраться с нуля конечно легче на cmake.
В Autotools больше возможностей, но осваивать его значительно труднее.
Даже написать простенький конфиг не подсматривая на другой проект будет довольно сложно.
В тоже время в cmake есть некоторые не очевидные вещи, которые трудно понять как настроить. Я бы сказал местами cmake не очевидный или немного заумный. В детали не хочу вдаваться, но кто пользуется поймет.
Хочется некоторой простоты, которой нету ни в cmake, ни в Autotools.