Ставил сегодня FreeBSD 6.1 и тоже самое. Решил так:Загрузился с мультибут сд в Partition Magic(if message Fix error -> NO!!!!) и увидел что раздел с винь неактивный, потому и не видит, а с фрей актив, поменял как было, т е сделал раздел с винь активным, и о чудо грузится винда.
Загрузка FreeBSD:
из дюбой *nix системы(в моем случае live cd линукс)
dd if=/dev/<раздел с фрей в нотации *nix системы> of=/<какое нибудь в доступное место>/bsdboot.bsd bs=512 count=1
затем bsdboot.bsd кинуть в С:\(где винь) и в boot.ini добавить
С:\bsdboot.bsd="FreeBSD", и усе.
Зто все сделал по аналогии с NT loader для LInuxa