Сейчас тенденция использовать собственные менеджеры зависимостей - (bundler, pip, composer, npm). Да и не только в веб - взять тот же dub.
Что думаете по этому поводу? В том плане, что для разных типов пакетов есть смысл использовать разные системы (на разных уровнях)? Системный пакетный менеджер занимается только системными компонентами, и мейнтейнерам дистрибутивов не нужно париться по поводу всяких веб-приложений - за актуальность их версий отвечают собственные мейнтейнеры или их же разработчики.