вот именно. чуть стоит изменить базу и этот пакет тоже придётся менять.
другими словами, новая версия дистра - новый пакет.
>1. Кстате, а сколько из 1500 пакетов это именно приложения а не библиотеки (зависимости и зависимости зависимостей)?

вопрос не понятен - речь про 1500 пакетов pbi? в которых очевидно как минимум одно приложение и одна сторонняя библиотека (если их будет 10 сторонних, то и обновлять 1500 пакетов нужно будет в 10 раз больше)
а вообще, то прикладух гораздо больше чем количество пакетов. к примеру даже с библой zip идут ещё и приложения
$ equery f dev-libs/libzip
/usr/bin/zipcmp
/usr/bin/zipmerge
/usr/bin/ziptorrent
или вот к примеру библа глибс (да, системная, смена которой pbi не поможет, буде такой под линем появиться), так там приложений -
/sbin/ldconfig
/sbin/sln
/usr/bin/catchsegv
/usr/bin/gencat
/usr/bin/getconf
/usr/bin/getent
/usr/bin/iconv
/usr/bin/ldd
/usr/bin/lddlibc4
/usr/bin/locale
/usr/bin/localedef
/usr/bin/memusage
/usr/bin/memusagestat
/usr/bin/mtrace
/usr/bin/pcprofiledump
/usr/bin/rpcgen
/usr/bin/sprof
/usr/bin/xtrace
.....