C той разницей, что AppStore появился лет на *дцать позже и по сути есть тот же самый репозиторий. И да, это удобно. И да, это относительно безопасно. Чем это плохо? Разве что яблочной политикой, но линукс тут ни при чем.
И если сильно нужно носить что-то с собой, то, имхо, лучший вариант - тарбол с собранной программой. Как распространяется с офсайта FireFox. Ни к чему придумывать сомнительные способы.
И правда, мое мнение: репозиторий - очень правильное и очень удобное изобретение.