В любом случае, исполняемый файл -- это не "типипичный бинарник", и исполняемый код -- не то, что сжимают. Там есть, что сжать, тот же upx не на пустом месте родился. Подобное сжатие работает только когда файл 1 и когда все данные в окне в него помещаются, а сжатие файлов по-отдельности куда менее эффективно. Поэтому, это задача для архиватора. Обычные бинарные файлы это тоже сотни-тысячи мегабайт, в которых не найти достаточно повторений, а поточные компрессоры и не ищут -- у них окно единицы мегабайт. При архивации в дело идут другие приёмы, различные эвристики с попыткой угадать характер данных.