>Скажем проще, есть только одно средство

Идеальное, пожалуй да, только одно. Есть еще SCons, но у него свои косяки.

>его популярность вызвана, в основном тем, что с помощью него компилируются кеды.

Звучит как будно в упрек cmake. Да, им собирают кеды, потому что autotools там с треском слили. Да, этот факт послужил толчком к росту его популярности. Но популярен он потому, что понятен, прост и удобен.

>Autoconf понятен, прост и удобен.

Ага, как продукция автоваза. Ведро с болтами, после 12 часов в дороге 12 часов в гараже. То-то в крупных проектах начинается лавинообразное нарастание количества фиксов и костылей в autoconf, а потом они переходят на CMake...