> http://nfs.sourceforge.net/#faq_d2
> If you are sure that the applications using these files are no longer running, it is safe to delete these files manually.

Почему же этого не дает сделать

> либо некорректно работают программы которые используют ввод-вывод на NFS,

Возможно

> либо какая-то из программ слетела во время выполнения.

Возможно

>  Чтобы удалить такие файлы, либо завершить программу

Каким образом понять какая программа их использует ? lsof и fuser ничего не показывают

> либо выйти из сеанса, после чего попробовать удалить.

Перемонтирование шары ничего не дает, или какой сеанс имеется ввиду ?

> Переходите на NFSv4.

Дык она и есть, вот опции монтирования:
1.1.1.1:/NFS on /NFS type nfs4 (rw,relatime,vers=4.1,rsize=65536,wsize=65536,namlen=255,hard,proto=tcp,timeo=600,retrans=2,sec=sys,clientaddr=2.2.2.2,local_lock=none,addr=1.1.1.1