>Попробуйте для начала объяснить зачем через пых запускать шелл-скрипт, запускающий другой шелл-скрипт.
>Может не стоит плодить лишних сущностей?

Встречал подобное для игровых серверов http://www.howtoforge.com/forums/showthread.php?t=16135
Ну да разницы нет, хоть вписывать команду sudo /var/www/vhosts/nekiyhost/subdomains/podomen/httpdocs/trans/program_linux в пхп скрипт хоть в сх результат один
Тобиш как я понимаю либо сама строка команды не айс либо система не даёт выполнять. В первом случае эксперементов было проведено великое множество, а вот с ситемой кроме sudo chown chmod нечего в голову не приходит.