>> большой I/O load. можно - сильно понизить приоритет процесса, удалять чаще и
>> меньшими блоками, выставить лимит на IO (cgroups, blkio)
> Спасибо за ответ.
> Вот еще такое дополнение: система даже при запросе
> ls -l /var/lib/php/session | wc -l
> виснет. Т.е. вот только что сделал запрос, там было чуть меньше чем
> 3000 файлов и вылетел в 504. Это вообще нормально?
> Т.е. на другом сервере сделал запрос такой же, только там ISP стоит
> и файлы сессии в своей директории пользователя. Запрос отработал моментально практически,
> при условии что там 100 000 файлов было.

Перегружена по IOPS нода, на котором крутится эта VPS.
В качестве временной меры настройте хранение php сессий в memcache (в ОЗУ).