У ext2/3 не понятия внутренней кодировки, ничто не мешает одной программе писать в utf8, а другой в koi8, в результате будут имена в обоих кодировках. Так что придется вам либо изменить кодировку в консоли либо таки перекодировать имена всех файлов, между прочим последнее делается в одну строку на баше.