У вас только с сертификатом проблема? Подозреваю, что ваш HAPROXY не умеет отличить запрос к MY-SSL от MY-CRM и просто обращается всегда к первому.

Возможные меры:
Разнесите сайты по разным портам (некрасиво) или адресам на прокси, раз так нужен mode tcp.
Используйте один и тот-же сертификат на разных сайтах (лучше не).
Терминируйте TLS на прокси, Nginx хорошо справляется.