> попробуй поставить на прокси режим транспарент , те кто не в домене
> ручками прописывай шлюз(там еще ИП таблес нужно будет чуть чуть подкрутить),
>  а те кто в АД скриптом в прокси сервер на
> стандартный порт ... и будет тебе счастье )

Попробую, но мне казалось, что в режиме транспарент, сквид вообще авторизацию отключает.

Да и этот сервер не есть шлюзом для сетки. Корявенько выйдет. Роутер должен будет запросы с 80го на линух  на 3128 перенаправлять.