>Сделайте стандартом Theora, чтобы каждый знал, в каком формате выкладывать видео и
>быть уверенным, что каждый его посмотрит. А если кто-то хочет на
>своем сайте что-то еще вроде h.264, сделать отдельное видео не проблема.
>Какие проблемы вообще?

А прикинь Youtube в 2-х, 3-х, ... копиях хранить?

if ( browser.used.Codec == "H264" ) {
    put.video.stream(video.h264);

} else if ( browser.used.Codec == "Theora" ) {
    put.video.stream(video.theora);

} else if ( ... ) {
  ...
}