Функция exec возвращает не весь вывод программы, а только последнюю строку. Возможно здесь она пустая. Попробуйте вместо echo exec(...) сделать system(...). А чтобы отследить ход выполнения программы, перед каждым действием добавьте что-то вроде echo("Делаю то-то и то-то..."), по крайней мере будет видно, какой оператор что выводит.