Ваш хостинг точно тут не причем, потому, что у меня заразились аналогичным вирусом сразу 5 разных сайтов. при этом они расположены на 2 разных хостингах.
Заражение всех сайтов на одном хостинге произошло примерно в одно и тоже время (дата обновления файлов на каждом сайте отличается всего на 1-2 мин), а вот на втором хостинге раньше на 1 день. Получается, что заражали сразу целыми хостингами.

Восстановить работоспособность сайтов удалось сразу, путем обновления файлов из резервной копии на локальном комьютере, но вот заражение мне кажется было не через FTP сайта, а непосредственно на сервере провайдера.
Кстати вот здесь есть скрипт, который вроде как лечит данную проблему:
https://gist.github.com/2359497/efb3d61a97231abdaa746ce8981d...
(сам я его не запускал, обновил всё через верезрвную копию, но возможно кому-то пригодиться.)