Для этого есть AppArmor (механизм ядра Linux для запуска приложений в изолированной среде, ограничивает доступ приложения к файловой системе), я под него писал профиль для скайпа. И в логах AppArmor видел, как Skype зачем-то читает разные файлы из каталога ~/.mozilla, включая закладки Firefox (если он, как заявляют разработчики Skype, ищет дополнение Skype для Firefox, зачем ему вдруг понадобилось читать закладки?). По поводу /etc/passwd - насколько мне известно, его читает библиотека Qt, на котором и сделан GUI линуксового Skype. Это всё, конечно, можно урезать через AppArmor, но также ничто не мешает перехватывать нажатые клавиши (Xorg позволяет это делать, и AppArmor тут ничем не поможет, можно ограничить через SELinux, но он крайне сложен в использовании). В конце концов я решил не рисковать и пересел на Jabber. Для звонков можно использовать Jitsi - пока единственный свободный аналог Skype, скачать можно здесь: https://jitsi.org/. Написан на Java, потому работает везде (Winows/Mac/Linux). Работает через тот же Jabber, т.е. достаточно иметь любой Jabber-аккаунт. Есть показ экрана, видеозвонки, конференции.