Я тоже apache и прочий связанный с ним хлам на критичных серверах не из портов ставлю, ибо:

1. Как сказал предыдущий оратор, часто требуется несколько установок apache.

2. В портах новый apache, а тем более mod_php приходится очень долго ждать, когда находят серьездные дыры это неприемлимо. Уже достало для новых clamav порт подгонять, его я пока из портов продолжаю собирать.

3. Не всегда нужно следовать зависимостям, ставя новый mod_php я не хочу, из-за некоторых грабель, обновлять кучу разных библиотек. Как известно в новых версиях не только исправляют ошибки, но и плодят новые.

4. Все равно приходится ставить некоторые вещи, которых нет в портах, например zend optimizer.

5. Написаны скрипты для установки, которые все сами из исходников ставят, накладывают нужные патчи, а потом тестируют после установки работоспособность и откатываются назад при проблемах.

6. Для порта нужно следить, не поменяют ли какой дефолт, не сломают ли случаем чего, каждый раз напускать diff после обновления.