Да просто пишется обвяз, генерирующий правила nft из высокоуровневых абстракций. Задача уровня бакалавра CS. Обычно же хватает «стандартного» firewalld и изредка приходится самому программировать, но так или иначе уход от императивного плоского синтаксиса к декларативным структурам данных был правильным шагом в нужном направлении. Прокладка между приложением и железом должна быть во всех аспектах программируемой на высоком уровне, что в общем-то и происходит с Линуксом: сетевые неймспейсы, контейнеризация, eBPF, NFT, XDP, программируемый сторадж и так далее.