как раз таки именно компилятор и имеет.

Авторы Kyber прекрасно знали, что деление уязвимо к атакам по таймингу. Но у них в оригинальном коде выполняется деление на константу, известную во время компиляции. Поэтому при компиляции с оптимизациями (а у них в Makefile безусловно задано -O3) никакой уязвимости не будет - компилятор заменит это деление нужными умножениями, сдвигами и т.п.

Проблема в том, что Бернштейн скомпилировал свой пример с -Os, там компилятор уже не стал оптимизировать это место, и получилась атака по таймингу. Ну а всякие сказочные криптоэксперты из cloudflare, aws и т.п. просто скопировали оригинальный код, не потрудившись разобраться в нем.