Легаси - оно же не только в самом питоне, но и куче внешних фреймворков. Есть такие что определенная версия только под 2-й питон, а в других версиях поведение меняется. Я помню наступал на такую граблю с графами в networkx. Переписать саму софтину еще полбеды - надо же теперь понимать что она дает несколько другой результат анализа данных. И мало саму софтину переписать (и новые баги отловить), надо и ранее проанализированные данные проработать еще раз. А в анализе всегда в той или иной мере ручная работа и по обьему это может быть просто невыполнимо и/или бессмысленно. Проще продолжать анализировать новые данные старой программой. Немного дописывать по мере необходимости, но не более того.