Проблема rclone в том, что он у него драйвер YDisk реализован через его веб-интерфейс, а Yandex может резать подобные запросы. У меня есть сведения, что в некоторых компаниях пишут свои решения для бэкапа с YDisk на S3 в YCloud, но и там возникают проблемы при взаимодействии с YDisk по API: в частности, поговаривают, что тот фейлится при большом количестве файлов на YDisk-е пользователя. В общем, коряво там всё.