Дело не в федоре, а в том что вы всё сделали чтобы что-то могло пойти не так. На будущее пользуйтесь стандартной системной обновлялкой, а не в ручную из терминала запускайте обновление, если всё же хочется обновить через dnf update, то не принебригайте рекомендациями что это следует делать в текстовой консоли. И вообще всё это смахивает на лож т.к. обновлённое ядро не запускается сразу при накатке обновления, а устанавливается как новое и загрузчик при перезагрузке предлагает выбрать одно из 3 ядрышек два из которых это предыдущие с которыми производился запуск.