Не спорю, что управление зависимостями делает работу с системой удобной, особенно если пакеты мелко нарезаны, и нет времени долго разбираться. Просто есть побочные эффекты, поэтому каждый выбирает систему себе по потребностям.

Например, чтобы нормально обновлять Debian до следующего выпуска, желательно устанавливать окружение рабочего стола целиком каким-нибудь apt-get install kde-plasma-desktop, который притащит что-нибудь лишнее, и чтобы удалить лишнее придётся сносить пакет kde-plasma-desktop, после чего можно случайно снести пол системы с auto-remove. Придётся делать apt-mark manual для некоторых пакетов. Потом при апгрейде на новую мажорную версию дистрибутива обновляться будут только пакеты, установленные в системе, при этом у kde-plasma-desktop могут в новой версии появиться новые важные зависимости, которые в итоге будут отсутствовать.
Ещё в системе может присутствовать куча лишних пакетов, притащенных по suggests, если это не отключено. И при установке ни в коем случае не стоит устанавливать окружение рабочего стола через tasks, а то система превратится в сложно вычищаемую помойку, потом придётся orphans разыскивать.

В общем, любой системой надо уметь пользоваться, чтобы добиться минимализма и не превратить её в помойку)

Каких-то ограничений для минимальной системе в Слаке не вижу, при установке можно исключить большие группы или подсунуть tagfiles.

Привёл пример с Debian, так как Fedora уже идёт к тому, что будет базовая система, обновляемая атомарно - без всяких зависимостей. Хотят избавиться от проблем с обновлениеми, чтобы не приходилось делать то, что описано в данной статье :)