> Интересная штука, но matplotlib, видимо, пока все-таки не поддерживается.

Вроде что-то шевелится...

tar xjvf pypy3-v6.0.0-linux64.tar.bz2
mkdir venv
pypy3-v6.0.0-linux64/bin/pypy3 -m venv --clear venv/dev-pypy3
pypy3-v6.0.0-linux64/bin/pypy3 -m venv --system-site-packages venv/dev-pypy3
. ~/venv/dev-pypy3/bin/activate
pip install --pre diofant[plot,interactive,develop,docs]

matplotlib устанавливается корректно, правда долго - колес не завели.

И что-то строит:
$ python
Python 3.5.3 (fdd60ed87e94, Apr 24 2018, 06:10:04)
[PyPy 6.0.0 with GCC 6.2.0 20160901] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>>> from diofant import plot, sin
>>>> from diofant.abc import x
>>>> plot(sin(x), (x, 0, 3))

[...]
Plot object containing:
[0]: cartesian line: sin(x) for x over (0.0, 3.0)