Нет, это вообще не про контейнеры, а, например, про то, что вот стоит у тебя в системе питон 3.a и постгрес y.z, на которые могут быть завязаны другие пакеты в системе, но при этом тебе нужна более новая версия питона 3.b (новый модуль в стандартной либе и нужное расширение языка), но при этом постгрес нужен более старой версии x.w (потому что фичи из новой версии тебя не колышат, а мигрировать полутерабайтную базу ради смены циферки влом).

Так вот модули - это способ обособить группы тесно связанных пакетов, чтобы была возможность релизить их более-менее независимо, а пользователям обновлять куски дистра в соответствии со своими потребностями. Т.е. на указанном примере будет отдельный модуль с питоном и отдельный модуль с постгресом, и при этом у них будут отдельные релиз-циклы и не будет жесткой привязки одного к другому на уровне пакетного менеджера через третьи зависимости