> 1. Например, что-то сделать с файлами, имеющими разные (не систематические) названия, но относящиеся к одной теме в чистой командной строке неудобно, в отличие от двухпанельника.

В zsh есть комплит с меню, который позволяет выбрать несколько файлов разом.
> 2. Быстро глазом сравнить два каталога на предмет отличающихся файлов (назавния, время создания и т.п.)

Глазами это неудобно — нужно всматриваться, легко что-то упустить. Куда удобнее запустить rsync -nai --del $dir1/ $dir2/.
> 3. Отдельные хистори для поиска, запуска, поиска по контенту,

Поиском и фильтрацией истории шелла можно добиться того же самого.
> 4. быстро просмотреть пачку каталогов и вспомнить/понять, о чём они вообще

Возможно.
> не надо каждый раз ещё и ls писать.

Я ls вообще использую только когда нужно посмотреть аттрибуты файлов или отсортированный по ним список, в остальном хватает комплита шелла.
> 5. Просмотр/редактирование файлов на удалённых ФС

Для этого есть fuse и прочие средства нативного доступа к удалённым фс.
> или в архивах.

С архивами mc работает ужасно медленно.
> 6. Быстрое многократное переключение между выводом последней команды и редактированием/посмоттром файла или просмотром каталога.

tmux
> 8. Выполнение одной и той же команды в двух параллельных иерархиях каталогов (допустим, поиск в каталогах include и libs проекта).

А в шелле с этим какие-то проблемы?
> 10. Просмотр суммарного объёма, занятого списком выбранных файлов/каталогов.

du чем не угодил?

> В общем, вагон случаев, когда ФМ (и особенно двхупанельник) удобнее чистой командной строки.

Просто кто-то командной строкой пользоваться умеет, а кто-то — не очень.