> 1. В прошивке роутера по умолчанию стоит libusb1.0, я дополнительно устанавливал libusb_0.1.12-2_mipsel.ipk
> отсюда http://ipkg.nslu2-linux.org/feeds/optware/oleg/cross/stable/.

т.е. вы собирали с 1.0? или с 0.1? потому что bmcontrol написана под libusb-0.1, естественно в 1.0 все изменилось и не будет собираться. Меня на эту мысль навело отсутствие полей idVendor и idProduct в структуре usb_device_descriptor (судя по ошибкам компиляции из вашего вывода сборки). Убедитесь в следующем:
1. при сборке должен использоваться хедер usb.h именно от версии 0.1 (строка номер 5 в файле include/os/usb.h в моем проекте).

Если у вас этот хедер лежит не в стандартном месте (/usr/include), то нужно явно это указать компилятору при сборке. Сделать это можно в файле Makefile: во второй строке (CFLAGS) указать этот путь с помощью флага "-I" таким образом (для /opt/include):

CFLAGS = -Wall -pedantic -O2 -s -Iinclude -I/opt/include

Также покажите вывод следующих команд:

$ pkg-config --cflags libusb
$ pkg-config --libs libusb

По хорошему вывод первой надо использовать в Makefile для задания CFLAGS в Makefile, а вывод второй -- для задания LDFLAGS в Makefile; CLFAGS и LDFLAGS попросту скармливаются потом компилятору и компоновщику соответственно, а поскольку "gcc" выступает в роли обоих -- то оба этих списка скармливаются gcc. Если у вас оно отработает корректно -- я поменяю у себя в проекте таким образом поведение мейк-файла.

2. при компоновке (linking) должна использоваться библиотека libusb именно версии 0.1
У меня в Makefile есть строка:

LDFLAGS = -lusb

это указывает компоновщику линковать проект с библиотекой libusb.so или libusb.a, но библиотека ищется по стандартным путям только (/usr/lib и т.д.). Если у вас libusb-0.1 лежит не по стандартному пути, нужно в LDFLAGS дописать путь к вашей либе таким образом (пример для случая если у вас либа лежит в /opt/lib):

LDFLAGS = -lusb -L/opt/lib

Т.е. у меня подозрение, что это не у меня криво сделано, а просто нестандартные пути у вас. Хотя правда возникает вопрос, почему версия 1.1 у вас нормально собирается... В общем, попробуйте сделать, что я написал пока, а насчет кросс-компиляции -- позже посмотрю и напишу.