Вообще-то asm.js обычно генерируется через Emscripten, который его генерирует в свою очередь из всё того же LLVM байткода. Причём конкретно в Firefox он не JIT, а AOT. По-сути этот всё тот же LLVM байткод, что и PNaCl, только выполняемый штатным компилятором браузера, что как понижает количество лишних компонентов в браузере, так и идёт на пользу этому штатному компилятору так-как его приходится оптимизировать, а от большинства таких оптимизаций выигрывают все, а не только приложения на asm.js. В любом случае для получения того или иного в браузере нужно либо туда засунуть компилятор LLVM-байткода и PPAPI, либо расширить функциональность встроенного компилятора JS.

PPAPI надо потому, что PNaCl приложения вынуждены им пользуется, а как ты должен знать Mozilla хоть и участвовала в разработке PPAPI, но забросила этот проект и решила, что плагинов не должно существовать вовсе. В результате PPAPI так и не был принят в Firefox, а без него там невозможен и PNaCl.

Из реальных минусов asm.js мне видится только лишь конский размер сгенерированного кода, но это во многом исправимо путём его архивации… что и так обычно происходит при отдаче страниц, стилей и скриптов. PNaCl просто этот шаг пропускает и сразу работает с байткодом, но в результате мы получаем два компилятора в браузере и непонятно зачем нужный API для плагинов вместо развития того, что там и так уже есть.