Преимущество зависит от того что вы хотите сделать. К примеру вам нужно ускорить работу с базой данных - используете JNDI. Нужно удобно хранить объекты - используете Hibernate, это значительно ускоряет разработку и снижает количество ошибок. Вот для сравнения код который я сейчас пишу для сохранения или обновления объекта с использованием google фреймворка Guice:

private Provider<EmtityManager> entityManagerProvider;

@Transactional
@Override
public void saveOrUpdate(Entity entity) {
    entityManagerTransaction.merge(entity);
}

а вот удаления

@Transactional
@Override
public void remove(Entity entity) {
    entitiManagerProvider.remove(entity);
}

Обратите внимание что в этим кодом я могу и сохранить объект и обновить те поля объекта которые надо обновить и имею при этом транзакционность на уровне приложения и там же идёт обработка Ecxeption. Для того чтобы написать такой же код на PHP потребуется полтора экрана текста. Сравните это с другими языками и если не сочтёте преимуществом то просто продолжайте использовать тот другой язык что уже используете.