а повод для проверки какой будет ?
Для того, чтобы сделать то что описано в стаье, и о чем буйно фантазировал я - нужен root-доступ, а если есть root то можно и перехватывать системные вызовы от утилит что проверяют контрольные суммы бинарей, но это лишнее, так визуально никаких изменений не будет, а значит не будет повода считать что на сервере есть вредоносное ПО.
И да, можно даже незаметно будет сделать так, чтобы при обновлении сервер подключался к левым "репозитариям".