>гибче,

Гибче - это когда нужно пересобирать ради того, чтобы что-то _отключить_, как во фре? Вместо того, чтобы доставить _дополнительный_ пакет, когда он потребуется, как других системах?

>меньше проблем

Это когда нужно закрыть уязвимость в пакете и ради этого пересобирать из портов полсистемы?

Это когда NAT не умеет транслировать GRE и PPTP? Это когда pf не умеет толком распараллелиться на несколько процессорных ядер? Это когда Linux держит раза в 3 больше NAT-трансляций, чем фря?

>легче управлять

Файликом /etc/resolv.conf вручную управлять безусловно легче. Особенно если нет динамически настраиваемых интерфейсов. В противном случае начинается костылестроение с написанием скриптов, обновляющих resolv.conf при поднятии и опускании интерфейса.

В нормальных дистрибутивах можно выставить приоритеты интерфейсам, а при их поднятии и опускании DNS-серверы, динамически полученные через DHCP или IPCP, сами пропишутся на нужное место в этом файлике. А если ещё понадобится при всём при этом настроить кэширующий DNS-сервер, то тут бсдуны уходят в штопор, не в силах решить эту проблему. Они просто говорят, что это не нужно.

Легче сношаться с portmaster'ом, чем ввести apt-get upgrade?

>реже что-то ломают

Это когда перед обновлением портов нужно прочитать специальный текстовый файлик и делать какие-то телодвижения, для того чтобы просто заменить pkgconf на pkg-cconfig, пересобрав при этом все пакеты, зависящие от него. В нормальных системах с пакетным менеджером не из прошлого века в свойствах пакета мэйнтейнеры сами прописывают, какой устаревший пакет он заменяет. Накат обновлений зачастую проходит вообще без вмешательства человека и вообще без компиляции.

Реже ломают, потому что ломать-то особо нечего. Ни тебе полноценной контейнерной виртуализации с разграничением ресурсов, ни тебе Xen dom0, ни паравиртуализированных драйверов для amd64.