> рут всегда нулевой, его никак испортить нельзя (разве только выкинуть из /etc/passwd
> и /etc/shadow). а вот gid/uid для сервисных и системных пользователей могут
> отличаться. вообще, вот так на расстоянии диагностировать очень сложно, тут хотя
> бы ssh бы, с доступом к обоим винтам.

Ноут сейчас дома в полуразобранном состоянии, но если отбросить всякие "если не ту кнопку нажал" то было простое cp -ax которое поломать трудно, и никуда больше не лазил, т.е. содержимое дисков за исключением /boot/grub/grub.cfg и /etc/fstab аналогично, не может же система скрыть папки при вторичном монтировании системного раздела в другую папку ( не должна вроде)?
у меня всё же впечатление что там с доп. атрибутами безопасности какими-то связано, которые возможно не копируются cp по какой-то причине, т.к. большая часть сервисов стартует без проблем. Или возможно есть таки какая-то привязка к uuid раздела.