Если мы говорим про компилируемые языки, то, если функция не находится в переделх +/- 128 байт от вызова, то совершенно пофиг (ибо адресное пространство одно и контекст переключать не нужно), в библиотеке она или в том же исполняемом модуле: вся разница будет только в микросекундах задержки на этапе раннего связывания загрузчиком и единственном штрафе при pagefault-е при первом обращении в участку памяти, в котором функция лежит.

Если же речь идет об интерпретируемых языках, то здесь вообще глупо говорить о таких вещах. Очевидно, что разницы при вызове функций в том же скрипте и из модуля не будет вообще, а по сравнению с временем, затраченным на запуск и раскочегаривание интерпретатора, время обработки загрузки десятка модулей будет совершенно незаметно.