> Как эти [pavlinuxы] собираются без initrd грузиться?

Если /usr на одном разделе с корнем - легко.
Если отдельно - только с initrd (что логично).

> Ах да, все скрипты тоже переделывать? с #!/bin/bash #!/bin/sh на #!/usr/bin/bash #!/usr/bin/sh

Зачем? Симлинки останутся же.

> Одни [pavlinuxы] /var/run в /run перетащили

Ну, допустим, не одни, а все дистры разом, во главе с Debian и Ubuntu.