>> Какую часть по-вашему составляет суммарное время загрузки питоновского кода от суммарного времени работы приложений на питоне?
> это зависит от приложения, где-то может составлять значительную часть. Так же не стоит забывать, что даже простое приложение может грузить сотни файлов с кодом из библиотек.

Если программа грузит сотни файлов кода, то обычно рассчитывается, что и работает она достаточно долго.
Если программа грузится однократно, то это тоже не проблема, какое бы она время не работала.

Если же по каким-то идиотским причинам программа на Питоне перезагружается в цикле из шелл-скрипта со всеми своими библиотеками и работает меньше, чем грузится, тогда обычно пишут загрузчик на самом Питоне в пару строк, который в цикле вызывает остальной код.

Модули-то загружаются однократно. Эта фича ведь в Питоне существует.

В-общем, нет никаких оправданий для этого маразма с дублированием одного кода в разных форматах.

А если уж решили делать отдельно файлы с байт-кодом, то нужно было их раскладывать, как это положено в UNIX. Методика эта проверенная, и ничего изобретать тут не было нужно.