> ни одного сообщения об альтернативах для HMTL/CSS/Javascript и других технологий

Если бы направление развития этих технологий задавалось не W3C, а, например, МС - вы бы тоже считали, что альтернативы не нужны? Я считаю главным недостатком PDF именно то, что им, теоретически свободным, на практике распоряжается Adobe.

> А потом еще Javascript, Java-апплеты, возможность соединения по сети и встроенный Flash.

У меня на компьютере сейчас можно найти не один десяток PDF-ок. Ни в одной из них нет и не нужно ничего из вышеперечисленного. Я имею основания полагать, что в документообороте эти возможности тоже совершенно не востребованы. Кстати, если бы PDF/A и PDF/X были разными форматами и открывались разными программами, проблем было бы заметно меньше, вы не находите? Но их разъединение не выгодно... угадайте, кому?

> Пока что все обнаруживаемые проблемы формата PDF являются общими для любых форматов, которые могут содержать исполняемый код со сколь-нибудь нетривиальными функциями.

Я и говорю об альтернативном формате, не включающем исполняемого кода, но при этом вполне пригодном для большинства ниш, где сейчас используется PDF. Большей частью весь интерактив, который требуется от PDF - это гиперссылки и заполнение полей.