Если честно, то я не сильно понял основный смысл Вашего длинного опуса... Ну попробую все-таки выделить несколько главных тезисов:
1) Mono со временем сравняется по функционалу с .net framework. Сильно сомневаюсь, на данный момент разрыв составляет несколько лет и со временем он только увеличивается. Учитывая целую кучу нововведений в грядущем .net4, возможности Моно смотрятся более чем скромно. Это уж не говоря о чисто-технических сложностях 100% совместимости. Сейчас моно кое-как покрывает функционал .net 2.0
2) Нет ничего плохого в том, что программисты будут писать на дотнете. Вот с этим я тоже хотел бы поспорить. Пусть они пишут на дотнете коммерческий софт, софт для каких-то внутренних применений. А вот если речь идет об Open Source cообществе, то лично я хотел бы, чтобы их усилия шли на пользу не только винде, но и всем остальным.

Вы написали:
>Ну и пусть программисты пишут программы на .NET, разве это плохо? Пусть другие пишут на Qt, а третьи на Java

Вы свалили в одну кучу .net, qt, java, и зря. Проект, написанный на Qt c очень малыми усилиями можно портировать на любую другую ОС. Чего не скажешь о проекте на дотнете. Если разработчик, разпробоава вкусности C#4.0 и других технологий дотнета, наришет замечательное приложение, то портировать его в тот же линукс будет ЧРЕЗВЫЧАЙНО СЛОЖНО (в отличие от Qt). В результате усилия, потраченные независимыми разработчиками приведут лишь к тому, что на винде станет еще одним хорошим Win-only приложением больше. Вы считаете это нормальным? А я вот придерживаюсь иной точки зрения.